质谱流式细胞仪是一种结合了高通量单细胞流式技术和质谱技术的高级仪器。它是流式细胞仪以及质谱质量分析仪的结合，具有高通量、多参数、分子级别分析等优点，能够对单个细胞中的分子进行非标记、直接检测。
相比于传统的蛋白质质谱分析和单细胞分析，质谱流式细胞仪作为最新涌现的高级手段，其优越性不仅在于可以对单个细胞进行分子级别的定量分析，而且在样品处理、数据分析方面具有明显的优势。
目前，质谱流式细胞仪已被广泛应用于免疫学、肿瘤学、药物筛选等领域，并成为花费最高的分析工具之一。随着其应用领域的不断拓宽和技术的不断精进，质谱流式细胞仪必将推动细胞学的发展。