南京农业大学研究生院是南京农业大学下属的研究生教育机构，同时也是博士后科研流动站。位于江苏省南京市，占地面积200余亩，建筑面积约20余万平方米。
南京农业大学研究生院是全国首批学术硕士、专业硕士和博士研究生教育试点单位，是国家级硕士和博士研究生培养基地。目前，研究生院有1个博士后流动站、1个博士学位授权一级学科、14个硕士学位授权一级学科。涵盖农业、科学、管理、社会科学、工程、法律、艺术等多个领域，形成了硕士博士一体化、学硕博士硕士联合培养、中外合作人才培养、专业硕士博士后流动站等多种形式的研究生培养模式。
南京农业大学研究生院以科技创新、学术研究和国际化教育为主要使命，在高端科技创新研究、农业应用基础研究和农业现代化相关领域的理论研究、技术开发和人才培养方面发挥着重要作用。同时，积极拥抱全球，拥有一支高水平师资队伍和港澳台、欧美等多个国家和地区的优秀高层次人才资源，充分融入全球农业领域的学术交流与国际合作。